지노믹디자인
 
 
작성일 : 15-08-08 19:40
Zebrafish genomic DNA PCR에 대해서 궁금한 점이 있습니다.
 글쓴이 : 노동혁
조회 : 8,531  

안녕하십니까?


저번에 보내주신 DNA extraction protocol을 이용하여 실험을 진행 할 수 있었습니다.
이에 다시한번 감사 드립니다.

다름이 아니고, PCR을 진행함에 있어서 요즘 실험 진행이 잘 되지 않아서 질문 드립니다.

DNA extraction을 한 후, 농도를 재지 않고 PCR을 진행 했었습니다.
헌데 요새 PCR이 되지않아서 농도가 너무 진한 것 같아서 Lysis buffer를 가지고 희석을 하였습니다. 

그 후 농도를 재보니, 각 Sample당 
37.61 ng/ul  260/280 = 0.52
21.19 ng/ul  260/280 = 4.52
19.44 ng/ul  260/280 = 2.51
30.69 ng/ul  260/280 = 33.1

이렇게 나왔습니다. 이러한 Sample들을 가지고 

DW 9 ul
Taq buffer 5 ul
Template 2 ul
primer F,R 각 각 1 ul (10 pmol)
dNTP 1 ul (2.5 mM each)
Taq 1 ul (2.5 unit/ul)

로 총 20 ul의 PCR product를 가지고 실험하였습니다.

PCR condition으로는 

Cycle number         Denature             Anneal                Extend
       X 1             94℃, 5min
       X 30            94℃, 30s            54℃, 30s              72℃, 30s
       X 1                                                            72℃, 5 min

입니다. 
각 primer의 Tm값은 58.7 ℃, 50.9 ℃ 입니다.

이렇게 PCR을 하였더니 결과가 이렇게 나왔습니다. (결과는 파일 첨부로 하겠습니다)
무엇이 문제여서 PCR이 진행되지 않는 것일까요? 조심스레 질문 드려봅니다.

긴 글 읽어주셔서 감사합니다. 

노동혁 15-08-08 19:54
 
아 원하는 target DNA의 크기는 290 bp 입니다.